新生兒腦膜炎如果治療不及時或者不規范治療，可以出現腦積水、腦出血以及肢體癱瘓甚至癲癇發作，還有失明、智力低下等嚴重的后遺癥。具體來說，大約有20%重度新生兒化膿性腦膜炎后遺癥為智力障礙、視聽功能異常、癲癇以及腦積水；大約有35%的輕中度化膿性腦膜炎患兒認知會出現低下，大約低于平均值的1-2個標準差。一旦出現上述嚴重后遺癥時，也該給予積極的治療，改善預后。比如癲癇發作可以使用抗癲癇藥物，控制驚厥發作；腦癱患兒還可以給予積極的康復治療，改善患兒的生存質量；有聽力及視力損害，還可以給予相應的對癥處理，爭取把效果達到最大化，讓患兒能夠接近正常的去生活。