對于肝內膽管結石，目前沒有公認有效的藥物能使其排出來，通常需要通過手術的辦法解決肝內膽管結石。因為肝內膽管結石的形成，通常是在肝內膽管狹窄的基礎上導致，因此只要狹窄段還存在，肝內膽管結石就不可能被治愈。對于肝內膽管結石，通常需要把包括狹窄段膽管在內的肝臟組織切除，才有可能得到根治。對于肝內膽管結石，要了解大小、范圍、分布決定怎么治療。如果肝內膽管結石局限在肝臟的一葉或者一段，可能需要通過把肝段或者肝葉切就可以。當然對于孤立的、沒有膽管狹窄的肝內膽管結石，或者對于肝臟沒有出現萎縮，肝內膽管結石分布的相對較廣，沒有肝內膽管狹窄的情況，可以試服用熊去氧膽酸，促進膽汁的流動，觀察結石能不能掉下來。但是肝內膽管結石如果掉下來，掉到膽總管里，有可能會引起膽總管的梗阻、膽管炎、胰腺炎，因此一般不會這樣做。對于肝內膽管結石，最有效的辦法還是手術的辦法。