電子結腸鏡的檢查一般需要10多分鐘，即可完成。對于沒有特殊病史，比如沒有腹部手術史，并且也并不是過度肥胖，或者過度消瘦的患者，如果檢查非常順利，往往5min左右就可以從肛門插進回腸袢左右以及回腸末端。隨后通過退鏡的細致觀察，往往要求8min以上，以便更好的完成結腸鏡檢查。如果患者既往有腹部病史，或者過度肥胖、過度消瘦，這時都會影響腸道的結構改變，插鏡的過程中，有些患者非常困難。有困難的患者在整個插鏡的過程中，有可能會耗費很長的時間。因此每個人的結腸鏡的檢查時間不同，大多數患者10-20min就能完成。但一些困難的檢查，甚至需要30min以上。如果做結腸鏡檢查的時候發現了病變，比如發現有息肉，或者是占位性病變，取活檢相對消耗的時間也會增加。如果做結腸鏡下的治療，比如多個息肉，要做息肉的電切，這時候時間可能會進一步延長。