電子腸鏡檢查具有一定痛苦，但基本可以耐受。電子腸鏡分為十二指腸鏡、小腸鏡、結腸鏡、直腸鏡，目前電子腸鏡纖維內鏡應用較少。腸鏡檢查通過打氣促使腸管擴張，保證視野，腸管對張力刺激明顯，因此可出現疼痛感。醫生檢查完后排氣，疼痛可較快緩解，患者可以忍受，無其他異常感覺。若十分懼怕疼痛，可進行無痛檢查，全麻后病人無任何痛苦。但無痛腸鏡也存在不良后果，因為病人完全入睡導致缺少疼痛刺激，若醫生操作幅度過大，可引起腸道穿孔。因此，優先選擇普通腸鏡，難以忍受時再選擇無痛腸鏡。