電子腸鏡檢查從肛門塞入然后檢查整個大腸一直到回腸末端，完整的過程大概有1.6-1.8m，整個過程逆行。如果這個人直腸特別直，基本上不會特別痛苦；有一些人做了手術有粘連或者長期便秘、結腸長，腸鏡經過時候會牽拉、刺激腸道會很痛苦。 普通腸鏡遇到做手術的病人，或者以前腹腔有疾病發生粘連的病人，痛苦比較大。醫院現在各種手法調控的較好，會將痛苦控制在可控范圍之內。45歲以上患者均需進行腸鏡，這種病人可以考慮使用無痛腸鏡也就是鎮靜加鎮痛檢查，可以讓患者在睡眠狀態下完成檢查，無痛苦甚至有些欣快感，有一部分人會有痛苦但是通過無痛手段可以克服。