紅霉素用藥后可能會發生腹瀉﹑惡心﹑嘔吐﹑中上腹痛﹑口舌疼痛﹑胃納減退等胃腸道反應，這類副作用的出現和劑量有很大關系。 如果在紅霉素用藥期間出現胃痛、惡心等胃腸道反應，可以采用減量服藥和飯后服藥的方式來解決。 紅霉素是一種胃動素受體激動劑，可以誘發大幅度的胃推進性收縮以加速胃排空，利用該藥理作用，紅霉素可以被用于治療胃輕癱。 對于使用甲氧氯普胺和多潘立酮治療無反應的患者，都可使用口服紅霉素治療。但是由于紅霉素的治療窗很窄，用藥超過治療窗時常會發生腹痛和惡心，即為紅霉素胃腸道刺激性的原因所在。