抗生素和疫苗之間的使用并不沖突，但應用抗生素應是在身體有疾病的情況下，如有細菌感染時才應用。但此時機體沒有處于良好狀態，而疫苗應用要求機體免疫力應處于較良好的狀態，才能獲得較好的免疫效果。同時身體免疫狀態正常時，應用疫苗可減少疫苗不良反應。所以疫苗應在沒有發熱、感冒、腹瀉等身體不適的情況下應用，疾病情況下不建議應用疫苗。但是也有特殊情況，抗生素和疫苗需同時應用，常見于破傷風患者。此時一方面要用疫苗，即應用破傷風類毒素來進行主動免疫，同時也要應用抗生素控制體內的細菌感染，所以此時允許抗生素和疫苗同時應用。