益生菌與抗生素使用的間隔時間，通常為2-3小時，但并非所有益生菌均需要與抗生素間隔2-3個小時服用，如枯草桿菌可以與抗生素同時服用，而雙歧桿菌、三聯活菌、酪酸梭菌、布拉氏酵母菌等，則需要與抗生素間隔2-3小時應用。如果服用間隔時間過短，抗生素便可能對益生菌的療效產生影響，導致使用效果不理想。長期服用抗生素可以導致腸道菌群紊亂，此時進行益生菌補充較為有益。益生菌可以降低偽膜性腸炎的發生率，建議患者使用抗生素1周以上時，應適當補充益生菌。益生菌在多個領域均可以起到較好作用，如脂肪肝患者加用益生菌，可能對脂肪肝逆轉有幫助，但抗生素、益生菌，均應在醫生指導下合理應用。