自然流產發生對女性身體的危害，主要是出血時間比較長，或者出血量比較多造成。自然流產排出去的主要是孕囊，因為懷孕后整個子宮內膜呈現增厚狀態，而且整個都呈現懷孕后蛻膜樣改變。孕囊排出去后，整個子宮內膜也需要被排出去，需要陰道出血和子宮收縮使它排出。如果出血時間過長，可能會造成宮腔感染甚至是盆腔感染。血液本身是特別好的培養基，長期出血有利于細菌和病毒繁殖，可能會造成女性盆腔感染，如果感染嚴重，沒有得到徹底治療，可能會造成輸卵管堵塞，之后想再懷孕，可能會出現不孕，如果出血量多，還有可能會造成貧血、失血性貧血。另外自然流產對女性的心理也是負擔，有些女性發生一次自然流產就會有心理陰影，等再次懷孕時就會心里特別緊張。