腸鏡檢查前的準備主要是清潔腸道，需要口服大量瀉藥和水分來清洗腸道。目前清潔腸道的主要是滲透性瀉藥，如甘露醇、硫酸鎂、聚乙二醇等。主要是提高腸腔內的滲透壓從而引發腹瀉，同時再飲用大量水分，就可以清潔腸道。因為服用的水分量比較大，部分病人可能無法耐受，而出現惡心、嘔吐的癥狀，最終導致腸道準備失敗。排出的大便是一種水狀物質，并且是不帶糞渣的透明狀況，才提示腸道準備充分。腸道準備不充分，腸腔中有較多的大便糞渣殘留，會影響到結腸鏡的觀察，導致某些病變的漏診。腸道準備得充分，可以提高腺瘤以及其他病變的檢出率。腸鏡檢查有一定痛苦性，因為腸鏡需要經過肛門逆行向上達到回腸末段，來完善整個結腸檢查。在檢查過程中，病人可能會感到腹脹、腹痛。對于曾經做過腹部手術或者婦科相關切除的病人，做腸鏡的痛苦性可能會比較大，建議選擇無痛腸鏡檢查。