子宮頸管黏膜為單層高柱狀上皮，黏膜內含有腺體，可分泌黏液。而子宮頸陰道部由復層鱗狀上皮覆蓋，復層鱗狀上皮在取代柱狀上皮過程中，新生鱗狀上皮可覆蓋子宮頸腺體，腺管開口或者伸入腺管，將腺管口阻塞，導致腺體分泌物引流受阻、潴留而形成囊腫。 如果子宮頸局部損傷或子宮頸慢性炎癥使腺管口狹窄，也可導致子宮頸腺囊腫形成。因此，子宮頸腺囊腫絕大多數是子宮頸生理性變化。