連花清瘟膠囊具有宣肺泄熱、清瘟解毒的作用，主要用于治療流行性感冒的熱毒襲肺證，證候主要是發熱、高熱、肌肉酸痛、咽干、咽痛、鼻塞、流涕、咳嗽，舌偏紅、苔黃或黃膩等。其實連花清瘟并沒有直接針對于抑制病毒復制的研究，但是由于連花清瘟膠囊對病毒感染一定的證候群有療效，所以也用連花清瘟膠囊進行病毒性感染的治療。同時病毒性感染一定要屬于熱毒襲肺的證候，才能夠應用連花清瘟膠囊進行治療。應用連花清瘟進行治療的時候，有注意事項。在服藥期間忌食生冷、辛辣、油膩的食物。另外風寒感冒不適合應用連花清瘟膠囊，同時不宜在服藥期間服用滋補性中藥。