胃食管反流微創手術相當于功能修復性手術，并無嚴格意義上的后遺癥，但任何手術均存在一定風險。腹腔鏡下或者機器人抗反流手術屬于功能性手術，并不破壞或切除器官，但手術修補時可能出現常規的出血、神經損傷，甚至手術做折疊時，折疊過緊會導致無法下咽。因此需到大的醫院做手術，才能夠保證手術的質量。 胃食管反流微創手術最常見的并發癥為吞咽困難。因此，術前需做詳細評估，術中可放置食道探條放到口腔內，然后再做折疊，防止折疊狹窄。如果不放探條可能增加吞咽困難的風險，但也有文獻報道提及無論放置探條與否，風險均相同。但普遍認為應放探條防止相關并發癥，折疊完后再取出探條即可。此外，患者可能排氣增多，主要由于習慣吞咽大量空氣，術后食道變緊，不容易打嗝上去導致。總體而言，胃食管反流微創手術屬于安全的功能修復性手術。