腎臟囊腫內部如果有結石，不用做特殊處理或者專門處理，這種情況的治療原則，主要參考腎囊腫本身的治療原則。1、周邊型的腎囊腫：如果在4-5公分以上，一般可以考慮給患者做腹腔鏡下的囊腫切除手術，盡可能避免囊腫持續性地增大，對腎臟實質產生一種持續性的壓迫效應，導致腎臟的實質持續性地萎縮，腎功能出現持續性損害；2、腎臟腎門附近的腫瘤：對于腎門部位的囊腫，要注意囊腫本身是否會對腎臟動脈產生壓迫，是否有動脈性高血壓出現。如果有，就應該早期，甚至在囊腫體積并不大的情況下，就考慮做囊腫手術，通過腹腔鏡的囊腫切開手術來進行減壓，最重要是解除囊腫對腎臟腎門部位的腎動靜脈血液循環的影響，避免動脈高壓出現。但如果囊腫和結石是分離的兩種疾病，囊腫是囊腫，結石是結石，這個病人既有囊腫又有結石，這種結石主要的處理原則，還是要看體積大小。如果結石體積沒有超過1公分，可以考慮進行定期觀察。如果結石已經超過了1公分，要進一步地根據病人的身體條件、當地的技術條件以及經濟條件等，選擇不同的治療方案。比如可以考慮微創的輸尿管軟鏡激光碎石手術、輸尿管硬鏡激光碎石手術、微通道的經皮腎鏡手術、標準通道的經皮腎鏡手術等。從技術的角度，還是和結石數量、大小有著非常直接的關系。