腎囊腫伴有囊內結石，通常采用手術的方式治療，如果囊腫體積較小，而且結石也較小，可以隨訪觀察，暫時不用處理。如果囊腫較大，體內結石也相對較大，通常以手術的方式來完成。手術一般進行囊腫的去頂減壓手術，目前隨著微創技術發展，腎囊腫手術主要是通過腹腔鏡來完成。腹腔鏡手術創傷小、痛苦小，術后恢復快，成為了目前腎囊腫治療的主流。腎囊腫去頂減壓手術，主要是通過腹腔鏡在腰部打孔的方式建立工作通道，進入到腎臟以后，將囊腫壁切除。此時如果囊腫內有結石存在，可以一并將結石取出。但是在臨床上需要注意鑒別，究竟是囊腫內結石，還是腎盞積水合并的結石。因為二者的治療方法截然不同，對于腎盞內積水而造成的結石，通常可以通過經皮腎鏡的方式來治療結石。因為這一類腎盞積水，通常還有盞頸狹窄，必要時還要行盞頸的成形手術。