核磁共振在臨床上的應用非常普遍、非常廣泛，但是由于核磁共振的特點，它對于中樞神經系統、顱腦、脊髓、骨骼系統以及軟組織顯像特別清晰，特別是這些疾病的輪廓、邊緣看得很清楚，使得醫生特別喜歡使用核磁檢查器官組織的疾病。 同時，現在核磁共振還有很多非常具體、非常明確的特性沒有得到發揮利用，如可以看它的波譜，還可以看它的很多的具體利用的參數，這些在臨床上還有待于研究開發。 核磁共振在臨床上使用的比較廣泛，如顱內疾患即大腦長了腫瘤或者出血、腦血管疾病，還有部分血管造影性的疾病，如頸動脈狹窄、腦血管畸形、動靜脈瘺等，這些都是核磁檢查很有特異性的項目。 同時，在腫瘤學上很愿意用核磁來檢查部分腫瘤的邊界。可以看清楚宮頸癌盆腔淋巴結的轉移、軟組織肉瘤在盆腔的淋巴結轉移，在腹股溝、腋窩的、乳腺上的腫物邊緣輪廓。 同時，核磁還有具體的應用，即可以看它的波譜。正常組織出現的波形，跟腫瘤出現的波形差距較大，同時出現非常不一樣的圖像，而且腫瘤惡性程度很高，這樣就給醫生非常好的提示，能有確切的診斷。