核磁共振可檢查全身實質性器官，如腦、脊髓、肝臟，以及部分盆腔結構，可以檢查出直腸癌等疾病。磁共振對軟組織密度分辨率較高，故對實質性器官的病灶和解剖結構顯示比較清楚。磁共振在神經系統檢查方面有優勢，通過DTI掃描序列可清楚地顯示神經纖維走行。 此外，磁共振還可檢查乳腺，都可以顯示清楚。總之，磁共振檢查對實質性器官檢查具有絕對優勢。