常用的腹腔灌注化療藥物眾多，其中包括順鉑、卡鉑、奈達鉑、洛鉑、奧沙利鉑、氟尿嘧啶、絲裂霉素、紫杉醇、噻替哌、米托蒽醌、依托泊苷、拓撲替康、博來霉素及伊立替康等，具體藥物需要根據患者的病情來選擇。一般鉑類以順鉑灌注作為常用，但是灌注順鉑要注意水化，即要用大量的液體，使順鉑對腎臟的副作用減輕到最低，卡鉑反應小于順鉑。但對于消化系統的腫瘤基本無效，草酸鉑即奧沙利鉑有神經的毒性，疼痛與腸梗阻的發生率比較高，不易腹腔灌注。近來發現奈達鉑、洛鉑具有高效廣譜低毒的特性，氟尿嘧啶、羥基喜樹堿、絲裂霉素、博來霉素等，也可以進行腹腔灌注，不常用的腹腔灌注化療藥物有阿霉素，現在都用米托蒽醌來替代。紫杉醇對卵巢癌、乳腺癌療效比較顯著，但是引起神經毒性比較容易造成腹痛和腸麻痹。所以現在應用的也不是很多，但這類化學性腹膜炎發生率比較高，胸腔灌注可以考慮使用，腹腔灌注一般不考慮使用，經肝臟代謝后才產生的細胞毒性藥物，也不考慮使用。