顯微根管治療和常規根管治療一樣，都提倡在無痛下進行操作。如果治療牙齒是死髓牙，如急性、慢性根尖周炎或者牙髓壞死，因為牙髓已經沒有活力，所以在整個治療過程中不會出現太明顯的疼痛。如果治療的牙齒是急性牙髓炎的時候或者慢性牙髓炎急性發作，此時牙髓是有一定活力的。 在第一次就診的時候，多會在局部麻醉狀態下進行，在局部麻醉的幫助下，對患牙進行牙髓處理，根管治療期間不會出現明顯的疼痛反應。對于術后，少部分病人會出現輕微的疼痛反應，但是一般情況都可以忍受，而且配合簡單的抗炎治療如口服消炎藥、局部點滴，就可以做到無痛治療。