根管治療過程中不可避免的會發生器械的分離，通常在彎曲的根管、根尖部分折斷的器械，不必強求取出，它之所以折斷在根尖部分，應該是根尖遇到了阻力。患者如果是慢性牙髓炎，根尖沒有發生病變，這種器械折斷不必強行取出，取出反而會造成根管壁折裂。如果發生在根管中段，可以在顯微鏡的幫助下來進行器械取出，如可以用特殊設備嘗試把折斷的器械取出，在根尖、根管口的部分可以很容易取出來。此外亦可從折斷的器械旁邊疏通旁路來進行根管治療，避開折斷器械，仍然可以進行完善的根管治療。