骨髓增生異常綜合征的病因沒有完全明確，推測可能由于生物、化學以及物理等因素引起的基因突變、染色體異常，使某個惡變的細胞克隆性增生，認為誘變劑如病毒還有某些化療藥物，如患者有實體瘤，可能做了化療，后期造血恢復的不好，可能出現了繼發骨髓增生異常綜合征。還有人接觸了放療還有輻射、工業反應劑，如苯、聚乙烯等環境污染等，以上致癌因素都可以引起染色體重排或基因重排，引起基因表達的改變，導致骨髓增生異常綜合征。