鼻竇炎手術比較復雜，鼻竇附近是眼睛、眼眶，還有顱底等重要結構，若醫生對結構不了解，傷到顱內或眼睛，就會產生嚴重的后遺癥；還有一些其它后遺癥，例如手術以后感染、疤痕攣縮、疤痕粘連、再上皮化過程偏慢、術中大出血等。 熟練的耳鼻喉醫生，對知識點掌握比較牢固，有一定經驗，以上后遺癥可能會避免，診療規范也清楚規定，圍手術期需要進行沖洗以及使用鼻用激素治療，所以出現后遺癥的幾率較小。