鼻竇炎手術也存在一定風險，雖然現在是微創鼻內鏡下的開放手術，但仍然存在一定風險，因為鼻竇比鄰口腔、顱腦、眼眶的解剖部位所致。但這個手術安全性還是很高，有極低的風險會發生并發癥。如果顱骨天性發育特別薄弱，有可能手術過程中損傷顱骨，導致腦脊液鼻漏。 如果眶直板特別薄，有可能損傷眶直板導致眼眶內的內容物脫出，甚至影響眼球的活動。如果并發框內的血腫可以壓迫視神經，導致視力下降甚至失明，但發生幾率都比較小。