肛瘺主要的表現就是肛門周圍有小眼，醫學稱為外口，可能會間斷性地流分泌物，有炎癥時周圍會有疼痛，會分泌膿性、白色或灰白色的分泌物。如果喝酒、熬夜、免疫力下降等，導致肛瘺發炎，還會有感染、疼痛等表現。肛瘺其他的表現可能少見，比如很多外口連在一起與陰道形成直腸陰道瘺。如果外口長在更遠的地方，可能有其他的表現，這時如果有炎癥，也會有疼痛，最主要的表現還是有分泌物。