引起陰莖、尿道疼痛的原因如下：1、淋菌性尿道炎：淋球菌感染引起的急性尿道炎，會在尿道黏膜表面形成水腫、糜爛，還會出現水皰、膿皰，破裂后可形成膿性分泌物。排尿時由于尿液刺激，糜爛的尿道黏膜出現陰莖、尿道的疼痛癥狀，同時出現分泌物刺激下引起的刺癢和尿道口分泌物；2、衣原體感染：可出現尿道黏膜糜爛、破損，出現尿道口透明分泌物，常伴有尿道隱痛。如解脲支原體感染引起的尿道炎，尿道口和尿道出現刺痛或紅腫現象，通常在尿道口表面形成少量白色分泌物，還會出現尿道刺癢和輕微刺痛的癥狀；3、尿道外傷：由于尿道狹窄，引起局部排尿困難，出現尿道疼痛及不適癥狀。出現上述癥狀時，應及時到泌尿外科就醫。