臨床上抗病毒眼藥水有阿昔洛韋、更昔洛韋，這兩種眼藥水在臨床工作中可以治療大多數病毒感染帶來的眼部疾病，常見的是病毒性結膜炎、病毒性角膜炎。如果眼部疾病使用阿昔洛韋和更昔洛韋抗病毒效果不好，可以通過全身給藥進行輔助治療，比如可以口服抗病毒藥物，如病毒唑、阿昔洛韋、更昔洛韋，或者可以脊柱給藥、靜脈給藥，可以輔助治療眼部病毒性感染引起的疾病。近年來還有更多抗病毒眼藥水在研制，如無環鳥苷滴眼液和眼膏，還有含魚腥草成分的中藥，中藥成分抗病毒作用的眼藥水成分比較復雜，有些病人可能會有過敏反應，用了眼藥水之后眼睛更癢，應該立即停止使用，到眼科確診原因。