臨床上使用的抗病毒滴眼劑較多，如阿昔洛韋滴眼液、更昔洛韋滴眼液、更昔洛韋眼用凝膠、羥芐唑滴眼液、利巴韋林滴眼液，以及重組人干擾素滴眼液、鹽酸嗎啉胍滴眼液等。阿昔洛韋滴眼液、更昔洛韋滴眼液主要對DNA病毒有比較好的抗病毒效果，而羥芐唑滴眼液主要應用于RNA病毒感染。出現病毒性角膜炎時，通常建議應用的藥物為阿昔洛韋滴眼液、更昔洛韋滴眼液，因病毒性結膜炎引起紅眼病時，也可以選擇上述眼藥水進行治療。此外，病毒感染的患者在臨睡前建議選用抗病毒眼用凝膠進行治療，臨床上使用較為廣泛的是更昔洛韋眼用凝膠。因病毒感染的病程較長，在使用過程中需按說明書堅持使用科學用量進行治療。因此如果考慮患有病毒感染的結膜炎或角膜炎，應到眼科進行診斷并進行對癥治療。