無痛麻醉技術是目前非常成熟的麻醉技術，本身的副作用非常少，最主要的是使用的靜脈全麻藥物的副作用，比如所使用的靜脈全麻藥丙泊酚，在注射時由于藥物對血管的刺激性，可能會產生注射痛；另外，在無痛麻醉蘇醒初期，由于藥物的后遺作用，小部分患者可能會出現頭暈的現象，這個時候需要患者平躺休息，等到患者完全清醒之后才能夠離開觀察室。一般來說，無痛胃鏡在檢查結束之后5-10分鐘左右能夠自然蘇醒。值得一提的是并不是所有人都能實施無痛胃鏡，一些特殊患者由于有嚴重的高血壓、冠心病或者心臟疾病，實施無痛胃鏡時，需要承擔非常大的風險，因此不太建議實施無痛胃鏡術。