無痛胃鏡雖然能夠提高患者舒適度，但是也有風險。所以麻醉醫生會對進入診療間的患者做心肺功能評估，進行簡單問診，檢查過程中也會監測患者生命體征。 無痛風險最常見的是血氧飽和度下降和心律失常。通常氧飽和度下降與誤吸或者氣道不通暢有關，這種情況出現時需要及時加大給氧量，鎮靜狀態有意識者可囑患者深呼吸。心律失常中大部分不需要特殊處理，但是如果出現室上性心動過速、室早，比如室早二聯律等，這種情況需要應用抗心律失常藥物治療。