現在用的抗甲狀腺素藥物最主要的副作用包括以下幾個方面：1、白細胞異常：抗甲狀腺素藥物對白細胞的影響，可能導致白細胞減少，甚至粒細胞缺乏。所以在使用過程中，經常會給患者監測血常規；2、轉氨酶異常：另外一個副作用是對轉氨酶的影響，有些患者可能服用藥物后會出現肝功異常，就是轉氨酶的升高。當然這可能需要在用藥之前首先要明確一下患者的血常規或者是肝功是否正常，因為甲亢本身也會引起白細胞減少或者是肝功異常。如果是甲亢造成，隨著甲亢好轉，這些副作用可以恢復。但如果是藥物造成的白細胞減少、粒細胞缺乏、轉氨酶升高等，意味著需要調整藥物；3、胃腸道反應：其他的不良反應包括胃腸道不良反應，如惡心、嘔吐等，因為所有藥物經過口服可能都會有患者耐受性的問題；4、過敏：非常少見的不良反應是部分患者可能出現過敏，無論是服用甲巰咪唑還是丙硫氧嘧啶，部分患者確實是耐受不了，出現皮膚的瘙癢，甚至皮疹。但無論是哪一個藥物不良反應，如果出現了并且明確跟藥物相關，還是盡可能地停用藥物。或者換用其他藥物或者換用其他治療方式，盡可能選擇能耐受的藥物來治療，畢竟甲亢治療是一個比較長療程的治療。