真菌性角膜炎的癥狀表現為疼痛、怕光、流淚、眼瞼痙攣，也就是眼皮不停地眨，這是最主要的4個表現，通常稱為角膜炎三叉神經末梢受激惹的三癥一征，即三種癥狀和一種體征。真菌性角膜炎的癥狀通常比較輕，而且起病比較隱匿，不容易被發現。有時會發現眼睛黑眼仁中間會發白，眼睛會充血，而且經常有眼屎，在臨床上會稱之為癥征分離。醫生會發現病人病情非常嚴重，但是病人本身感受到的癥狀并不很嚴重，相較于細菌性角膜炎以及阿米巴性角膜炎而言，病人感覺不到明顯疼痛。