通常真菌性角膜炎的早期癥狀并不嚴重，自醫生的角度而言，患者的病情較重，但癥狀較輕。真菌性角膜炎的遷延時間較長，如果真菌性角膜炎早期患者出現眼部外傷，數日之后眼睛可出現異物感，或者紅、疼、畏光、流眼淚等癥狀。如果患者的癥狀持續加劇，視力可能會下降，出現視物模糊等癥狀，而且患者的角膜即黑眼珠上可出現白色的牙膏樣膿苔。 部分真菌性角膜炎患者的視力已經較差，或者已經處于接近失明的狀態，但是與一般的角膜炎或者結膜炎的患者相比，疼痛癥狀并不嚴重，因而導致較多患者延誤最佳的治療時機。針對真菌性角膜炎的治療，目前具有一定的難度，無論選擇藥物還是手術治療，均無法確保患者痊愈，部分患者術后仍然可能出現復發的情況。