真菌性角膜炎是真菌感染角膜后，在角膜里滋生引起的炎癥。真菌性角膜炎首先考慮局部抗真菌藥物治療，需要頻繁點眼藥水。現在有很多抗菌性藥物，例如伏立康唑、納他霉素等藥頻繁來點眼，有可能把疾病治好。 單純用藥物治療時效果可能不太好，需考慮做清創手術。舉個簡單的例子，如夏天蒸饅頭，如果蒸好饅頭放到通風的地方，饅頭會風干，但是把剛蒸好的饅頭放在比較密閉的空間，過1-2天饅頭上會發霉，需要把饅頭皮揭去，這樣發霉的部位就會消失。其實真菌在藥物治療效果不好時，可考慮用手術方法清創。如果清創和藥物治療效果都較差，疾病一直在惡化、發展時，需要進行角膜移植術治療。