牙齒根部發黑其原因可能很多，主要如下：1、齲病：可能是由于牙齒的根部患有齲病，有可能會導致牙根部的牙骨質以及牙本質出現齲壞，有可能逐漸地發黑。對于這種情況，首先可以對牙根部發黑的部位進行去齲，如果沒有穿髓，可以進行蓋髓術以及進行充填修復等。如果已經穿髓，可能要進行根管治療術，將牙髓進行徹底的去除，將牙根以及牙髓腔的炎癥組織進行清理，并且進行沖洗、消毒，然后再進行根管的充填，從而改善牙齒根部發黑的問題；2、牙齦炎、牙周炎：對于部分患者是由于牙齦炎或牙周炎、牙結石以及牙菌斑長期堆積，慢慢地色素沉著混合而成，就造成牙齒根部發黑的問題。對于這種情況，多半是由于牙齒的齦下結石受到色素的沉積，而表現為牙齒根部發黑。如果是這種情況，建議及時地進行全口潔治，如齦上潔治和齦下刮治，特別是進行齦下刮治，將牙齒根部的牙結石進行徹底地清除，可能就可以改善牙齒根部發黑的問題；3、重金屬中毒：對于部分患者，牙齒靠近牙根部的牙齦發黑，還有可能是由于重金屬中毒所引起。如果是這種情況，建議患者要盡早到醫院進行就醫，并且給予相應的指導以及相應的治療。