牙齒根部牙齦發黑，常見原因如下：1、黏膜黑斑：目前病因不清，可能是黑色素細胞異常分布的結果；2、黏膜色素痣：在皮膚上經常可以看到色素痣，在口腔黏膜或牙齦邊緣也可以形成色素痣，可能是點狀色素痣，也可能是片狀或塊狀色素痣，是痣細胞異常沉積、堆積的結果；3、原發性慢性腎上腺皮質功能減退癥：除皮膚發黑，牙齦邊緣或口腔黏膜也有發黑現象；4、吸煙：長期大量吸煙，煙草中的色素或有害物質沉積在牙齦上，使牙齦發黑；5、外源性色素：沉著在牙齦邊緣，比如在工廠工作，經常接觸重金屬，比如鉛、汞，重金屬可以沉積在牙齦邊緣，形成汞線、鉛線；6、齦下牙石：牙齦緣下方、牙頸部附著齦下牙石，或者是牙頸部形成的齲病，齲洞中的腐敗、壞死組織顏色透出。如果牙齦邊緣出現發黑的現象，建議到正規醫院的口腔科檢查，查看是否需要進行進一步治療。