鼻咽拭子不同于咽拭子，鼻咽拭子需要到鼻腔的深處采集分泌物，也就是在咽腔的垂直部位。一般在做鼻咽拭子檢查的時候，會通過特制的棉花棒塞到鼻子里，然后緩慢旋轉插入深處。進行新型冠狀病毒檢測，選用的鼻咽拭子是特制的棉花棒。相對咽拭子，鼻咽拭子更柔軟，會不同程度地減輕取樣過程中的痛苦。棉花棒沿著鼻腔的間隙插入鼻咽部進入到深處，然后在鼻咽深處進行旋轉取分泌物。此過程可能會有不適，但是大多數人都可以忍受。有一部分人鼻腔有畸形，像下鼻甲肥大、鼻中隔偏曲或者某種原因的鼻中隔狹窄，可能造成取樣困難。有時可能需要換另外一側鼻孔，進行再次取樣。