鼻咽拭子在取樣的過程中患者會有不適的癥狀，并且不適癥狀可能要明顯大于取咽拭子的過程。所謂的鼻咽拭子就是需要通過一個棉花棒塞入鼻腔深處，基本到咽部上方，在鼻咽部取樣。現在做核酸檢測實際上已經是專用鼻咽拭子的棉花棒，較咽拭子會更軟一些，這樣在塞入鼻腔的時候相對更柔軟，損傷更小。當然患者肯定會或多或少有不適的感覺，但多數還是可以忍受，在忍受范圍之內。有一些患者有鼻部的畸形，比如鼻中隔偏曲或者下鼻甲肥大、鼻腔的狹窄，棉棒在進入時會出現通過困難。必要時可能需要換另外一側鼻腔才能進入，這時患者的痛苦度可能更高。