二次根管治療的風險，主要在于第一次根管治療時，如果根管充填不恰當，需要將第一次充填根管里的充填物清理干凈。由于根管本身較狹長、較細，器械在清理時，可能會通過根尖孔將充填物推到牙根外。本身根管充填物可能會有異物反應，導致時間長時，根管外的充填物，可能會有炎性反應。如果需要第二次做根管充填，往往意味著第一次根管充填物內有細菌殘留，在第二次治療時，也可能通過各種沖洗壓力，使殘留細菌通過根尖孔到達牙根周圍，導致在牙根周圍形成二次感染。綜上，第二次根管治療的風險，主要在于清理第一次根管充填材料時，可能會造成材料到達根尖外造成感染，或殘留細菌到根尖孔外造成繼發感染。