胃腸道間質瘤靶向藥物副作用各不相同，無論哪種靶向藥物都可能出現副作用。根據患者的體質、耐受情況的因素不同而不同，所產生的副作用及反應也有所差異。最常見的副作用包括惡心、嘔吐、疲乏、腹瀉等，比如在服用靶向藥物之后經常會感到沒力氣，精神也不好，但絕大多數患者是1-2級的疲乏，平時只要堅持運動、加強營養、改善睡眠質量，就可以慢慢緩解。另外，患者在接受舒尼替尼和瑞戈非尼的治療過程中，容易產生手足綜合征，這是因為靶向治療導致手掌、足底等部位出現感覺遲鈍，紅斑等癥狀的一種皮膚毒性反應，建議患者使用護膚霜和潤膚劑，穿著柔軟的衣服和鞋襪，以及戴手套來改善癥狀。對于2-3級的手足綜合征，應暫停靶向藥物治療，癥狀消失后再恢復治療。癥狀嚴重的患者，需要遵醫囑永久性降低靶向藥物的劑量。胃腸道間質瘤的治療是一個漫長的過程，安全和療效同樣重要，靶向藥物有些副作用可以控制。但嚴重的副作用可能使患者不耐受，導致治療中斷，甚至危及生命，因此具體用藥和對副作用的處理，一定要由醫生來做指導。