目前數據顯示，二代試管嬰兒畸形率與一代試管嬰兒、自然懷孕女性，發生不良事件幾率基本一致，患者無需過度擔心。二代試管主要針對精卵結合障礙的一系列不孕癥男性或者女性采用的妊娠方式，主要多見于重度少弱畸形精子癥，或梗阻性無精子癥患者，只能從睪丸或附睪中取到精子，無法完成自然受精過程。如果患者進行二代試管嬰兒胚胎植入前，進行篩查或診斷，則此時相對胚胎出現問題的概率比自然懷孕幾率低。如果備孕者沒有上述問題，建議讓精子經過自然優勝劣汰與卵子結合，如果在精和卵結合過程中，精子能夠進入到卵細胞中，則成功受精的精子能力較強。因此，建議備孕者如果可進行一代試管嬰兒，盡量避免選擇進行二代試管嬰兒。