腸鏡檢查整體比較痛，但也是因人而異，部分病人覺得沒有很痛苦，但是絕大多數的病人做腸鏡檢查會比較痛。因為腸道內有很多彎道，腸鏡要通過彎道時，通常會牽拉到內臟神經，因此病人可以感覺到很痛，尤其是年輕人。一般年輕人內臟的神經敏感性較高，隨著年齡增大，神經敏感性減弱，因此年齡越大，疼痛的敏感性越低，年輕人越年輕感覺到痛的程度越重。目前也有無痛苦結腸鏡檢查，即用麻醉的方法，通過靜脈注射麻醉藥，使病人睡覺，此時做結腸鏡沒有任何痛苦，如果是熟練的醫生，大概15-20分鐘，結腸鏡可以結束。