有痛腸鏡一般疼痛程度較輕，在鏡子拐彎時，可能患者有一定疼痛感覺，但多數能耐受。因為在沒有無痛腸鏡前，患者均是進行有痛腸鏡檢測，多數患者均可耐受。但因人而異，可能部分患者疼痛敏感，會覺得疼痛程度較重。但多數可能有輕微腹部不適，有時是隱痛，一般隨著腸鏡檢查結束，癥狀可以自行好轉，無需特殊處理。有痛腸鏡主要是相對于無痛腸鏡而言，并非表示患者有多痛苦，只是在進行腸鏡檢測時，患者處于清醒狀態，應用局麻藥。在檢查過程中，患者可以觀測到鏡下表現，同時可以與腸鏡醫生進行交流。而無痛腸鏡時，患者應用靜脈麻醉藥物，處于睡眠狀態進行腸鏡檢查，患者清醒后檢查已經結束，所以通常沒有感覺。