無痛腸鏡也就是舒適腸鏡，是逐漸推廣的檢查方法，但不是任何一個檢查都適宜所有的人。 所以有部分群體不建議進行無痛腸鏡的檢查。這些群體包括精神異常的患者、完全昏迷的患者、體質非常差的患者、休克化體質非常弱，長期疾病，特別是消耗性疾病的患者都不適宜進行無痛檢查。還有心臟功能異常的病人、肺功能異常的病人，特別是肺的換氣功能很差，吸收消化能力差的患者，這些都不能進行無痛腸鏡檢查。 無痛腸鏡檢查不是操作時無痛，而是操作前使用麻醉藥物以后，阻斷病人的疼痛感覺，而進行的檢查。因此對昏迷、體質差、不能耐受麻藥、麻藥過敏的患者都不能進行無痛腸鏡的檢查。