頭神經痛有顱內因素與顱外因素，頭神經主要的牽涉到頸神經，引起的頭痛常集中在枕部及兩側的太陽穴，一般情況下不伴有頭頂部的疼痛。顱內的因素包括炎癥、感染、腫瘤或者壓迫等，均會引起頭神經的疼痛，甚至出現面癱、面積痙攣、三叉神經痛、面神經痛等情況。頭面部的感知疼痛的神經主要有面神經與三叉神經，需要做頭顱核磁共振，明確顱內有無炎癥或者壓迫等情況。還要做頸椎核磁共振，明確有沒有顱外的炎癥或者壓迫，如常見的頸椎間盤突出癥，引起頭面部尤其是枕部伴有太陽穴區域的的疼痛，通常稱之為頸源性頭痛。