痰培養是確定肺部感染病原體的重要手段。獲取痰標本后，先要確保痰標本合格，來源于下呼吸道。建議患者清晨起床咳出痰液，最好咳出深部的痰。由于口腔有很多定植菌，在獲得標本時要先漱口，而且要放在醫院提供的專業容器內，并盡快送去醫院的實驗室，讓臨床醫生進行痰涂片的檢查。 痰液的細菌學篩查是醫院工作人員通過顯微鏡觀察該標本是否合格，合格的標準是每一倍視野中含有鱗狀上皮細胞小于10個白細胞。如果大于25個或者鱗狀上皮細胞的白細胞比例為1:2.5，則證明標本合格，可以進行痰培養。