痰培養可用于檢查痰中存在的致病菌，主要是細菌，如肺炎球菌、卡他莫拉菌、肺炎克雷伯。若支氣管和肺感染，通過咳嗽排出痰液，可通過痰培養方式取得病原學診斷。此外結核菌也可以進行痰培養，但周期較長，通常需要半個月到1個月，甚至2個月，完整加上藥品需要2個月才能獲得結果，但痰培養是結核菌的診斷金標準。除肺、支氣管病變外，咽腔、喉腔以及扁桃體炎癥，也可以通過咳痰方式培養。鼻腔可行咽拭子、鼻拭子檢測，咽腔也可行咽拭子涂片培養。整體上痰培養主要針對肺和支氣管炎癥，若痰液里有細菌生長，可通過痰培養鑒定引起肺和支氣管感染細菌種類，這是痰培養的目的。