骨性反(牙合)形成的主要原因來源于遺傳因素，如親代有反(牙合)，甚至嚴重反(牙合)，往往孩子反(牙合)是一種骨性反(牙合)。極個別孩子是由于兔唇或叫唇腭裂，由于上頜骨嚴重發育不足，導致上下頜骨矢狀向差別特別大，診斷認為是骨性反(牙合)。后天不明原因的下頜骨過度生長造成，也是比較難治療的。 骨性反(牙合)大致分為3類，第一類是遺傳性骨性反(牙合)，第二類是后天不良習慣以及異常生長引起的骨性反(牙合)，第三類是先天性唇腭裂引起的骨性反(牙合)。