嗜血細胞綜合征通常會有嚴重臨床表現，甚至可危及患者生命。所以若不積極治療，患者壽命只是1-2個月，積極治療之后，通過某些藥物治療或者通過造血干細胞移植，部分患者可得到治愈，壽命可和正常人一樣。對于嗜血細胞綜合征，要明確病因，針對病因治療，最常見病因是感染，嚴重感染可誘發嗜血細胞綜合征。 另外，血液系統腫瘤，如淋巴瘤可誘發嗜血細胞綜合征，應積極治療淋巴瘤原發病，大部分嗜血細胞綜合征患者可得到明顯改善，可延長生命。還有一類嗜血細胞綜合征跟風濕免疫科疾病相關，也要通過積極控制結締組織病，使患者嗜血細胞綜合征得到控制。部分患者存在先天性嗜血細胞綜合征基因，基因突變導致嗜血細胞綜合征，若在兒童發病，要積極地進行相應治療甚至基因造血干細胞移植，可以使部分患者得到治愈。