若腎盞結石體積較小且無癥狀，一般無需處理，可通過腎盞頸進入腎盂，最終通過輸尿管排出。若腎盞結石繼發反復泌尿系感染，出現嚴重血尿、腰痛不適等癥狀，需考慮治療腎盞結石。腎盞小結石處理時需考慮腎臟解剖性因素，若腎盞小結石無法排出，應考慮是否存在腎盞頸口狹窄。若合并解剖性因素，應先解除腎盞口狹窄方可消除結石。 此外，還可建立人工通道，即人工從皮膚建立皮腎通道，稱為經皮腎鏡直接扎入腎盞內部，從另外通道將腎盞小結石取出。取出小結石后若未解除腎盞狹窄性因素時，容易復發腎盞小結石。