部分朋友在跑步時，容易出現肚子兩側疼痛，引起這種情況主要原因有以下幾種：1、胃腸道相關疾病：部分消化不良、便秘、腹脹患者，這時腸道內可能會有過多氣體以及食物囤積，此時如果劇烈跑步后，容易引起患者腹部兩側疼痛；2、泌尿系統疾病：如泌尿系統炎癥或者結石，在劇烈運動后容易引起單側或兩側肚子疼痛；3、婦科相關疾病：對于女性患者還要排除是否有婦科相關疾病，比如附件炎等；4、骨骼運動系統相關疾病：比如腰椎以及兩側腹肌的勞損。